De acordo com o texto da mensagem, a Funsaúde prestará contas à Secretaria de Saúde sobre seus atos, inclusive parciais, disponibilizando quaisquer dados, documentos e informações relativas ao desempenho de suas atividades. A prestação de serviços a municípios e consórcios públicos de saúde passa a depender de prévia autorização da Sesa, que poderá especificar as condições e limites em que se dará tal contratação.