Bolsonaro passou a responder às acusações no Supremo, mas o processo foi suspenso após ele assumir a Presidência da República, em 2019. Com o fim do mandato e do foro privilegiado, Toffoli determinou que o caso siga para a primeira instância da Justiça.
O ex-ministro da Saúde é investigado por suas ações e omissões diante do colapso do sistema de saúde de Manaus, onde houve falta de oxigênio medicinal.
Uma vez que Marcelo Crivella (Republicanos) deixou o cargo de prefeito do Rio de Janeiro em 1º de janeiro, dando lugar a Eduardo Paes (DEM), o ex-gestor perdeu o foro especial pela função ocupada. Com isto, a desembargadora do Tribunal de Justiça/RJ, Rosa Helena Macedo Guita, ordenou a remessa das investigações sobre o "QG da Propina" à 1ª Vara Criminal Especializada de Combate ao Crime Organizado.