O TCU verificou que as informações contábeis são registradas e armazenadas na Sudene em papel, apesar de os registros das empresas beneficiadas já integrarem o Sistema Público de Escrituração Digital. Para o ministro Aroldo Cedraz, “essa situação é um retrocesso para as empresas incentivadas, que as mantém acorrentadas ao passado analógico, mesmo quando já dispõem das informações digitais”.